La organización del CRICS9 en Chile se desarrolla bajo el liderazgo del Ministerio de Salud del país, con la coordinación y gestión operativa del evento al cargo del Fondo Nacional de Salud (FONASA). Las instituciones actúan en cooperación con la Organización Panamericana de la Salud (OPS) a través de su Representación en Chile y del Centro Latinoamericano de Información en Ciencias de la Salud (BIREME/OPS/OMS), con el apoyo de una red de instituciones nacionales de los países latinoamericanos y organizaciones internacionales.